中国微生物学会
中国科学院应用真菌研究所
中国科学院应用真菌研究所组建于1956年12月，它的前身是中国科学院植物所真菌植物病理研究室。该室组建于1953年1月，它是由前中央研究院和北平研究院的两个植物研究所的真菌部分合并而成。
1956年，根据国家的远景科学规划，中科院决定将原真菌植物病理研究室扩建，并于56年10月迁址到中关村，12月3日正式下文成立中国科学院应用真菌研究所。
北京微生物研究室
1953年2月中国科学院接管了原属于重工业部的黄海化学工业研究社发酵研究室（方心芳任研究员兼副社长），并将其并入菌保会。
1957年8月，北京微生物研究室成立，方心芳任研究员、副主任。微生物研究室是在中国科学院菌种保藏委员会（菌保会）的基础上建立起来的。
合并之后中国科学院微生物研究所
中国科学院微生物研究所
1955年10月6日中科院生物学地学部向院常务会议提出“建立微生物研究所筹备委员会的意见”。院务会议同意成立筹备委员会，该委员会由戴芳澜、方心芳等12位科学家组成，戴芳澜任组长。1956年1月16日陈毅副总理对相关报告批示：“拟予同意”，并送刘少奇、陈云和邓小平圈阅。
1958年9月26日，经院第11次院务会议通过并经科学技术委员会批准成立中国科学院微生物研究所。
1958年12月3日中国科学院发文（院厅秘字第454号），“兹经院第十一次院常务会议通过并经科学技术委员会批准应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立微生物研究所，由戴芳澜任所长，邓叔群、林一夫、方心芳任副所长。”
在文化大革命的十年中（1966—1976），中国科学院微生物研究所艰难地度过了动乱的岁月。
1978年10月，中国科学院微生物研究所所走上了改革开放之路。
1985年，中国科学院微生物研究所的“中国科学院真菌地衣系统学开放研究实验室”通过了国内同行专家评审，首批向国内外开放。
1991年3月，中国科学院微生物研究所科技人员开始在市场经济中求生存、谋发展。冲击在计划经济体制下形成的一些传统管理模式。
1993年，中国科学院微生物研究所根据中国科学院“进行综合配套改革”的部署，改革工作从单项改革步入到综合配套、全面系统改革的新阶段。
2001年1月8月，中国科学院微生物研究所整体进入中科院创新工程试点序列。
2007年，中国科学院微生物研究所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。
科研条件院士（11位，包括已故4位）
戴芳澜 （已故） 中科院院士（1955年）邓叔群（已故）中科院院士（1955年）方心芳（已故） 中科院院士（1980年）阎逊初（已故）中科院院士（1980年）张树政中科院院士（1991年）田波中科院院士（1991年）魏江春 中科院院士（1997年）郑儒永中科院院士（1999年）方荣祥 中科院院士（2003年）庄文颖 中科院院士（2009年）高福中科院院士（2013年）国家杰出青年基金获得者（14位）
谭华荣（1999年）黄 力（1999年）东秀珠（2000年）唐 宏（2000年）姚一建（2000年）高光侠（2002年）高 福（2005年）郭惠珊（2005年）刘杏忠（2006年）刘双江（2007年）白逢彦（2008年）向 华（2009年）车永胜（2009年）张立新（2011年）丁守伟（1999年）B类 王国梁（2000年）B类张炼辉（2001年）B类 唐晓艳（2002年）B类 佘群新（2003年）B类 施文元（2004年）B类中国科学院“百人计划”入选者（32人）
谭华荣（1994年）何朝族（1998年）姚一建（1999年）唐 宏（1999年）刘双江（2000年）高光侠（2000年）刘杏忠（2000年）高 福（2004年）郭惠珊（2004年）刘文军（2004年）车永胜（2005年）叶 昕（2005年）高 斌（2005年）朱宝利（2005年）李 寅（2005年）张立新（2006年）孟颂东（2006年）李学兵（2008年）陈吉龙（2008年）李少杰（2009年）邱金龙（2009年）周旭宇（2010年）蔡 磊（2010年）马旅雁（2010年）张福萍（2011年）黄广华（2012年）陈义华（2012年）孔照胜（2012年）唐双焱（2012年）刘 俊（2012年）尹文兵（2015年）吴 边（2015年）科研部门
中国科学院微生物研究所
据2016年4月研究所官网显示，微生物所的科学研究体系由五个研究室组成，国家重点实验室3个，院重点实验室2个。此外还设有微生物资源中心、微生物基因组学联合研究中心、极端微生物研究中心、能源与工业生物技术中心、微生物代谢工程研究中心、环境生物技术中心、农业生物技术中心、分子病毒中心和分子免疫中心。国家重点实验室（3个）：
微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室中国科学院重点实验室
（2个）：
中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室设施资源设备设施
中国科学院微生物研究所在用仪器一览表仪器名称
仪器型号
制造商名称
环境扫描电子显微镜Quanta200FEI环境扫描电子显微镜样品制备cpd030FEIX-射线衍射数据收集系统MM-007HFR-AXIS理学蛋白质纯化系统AKTApurifierUPC10GE馆藏资源
据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所图书馆始藏有真菌和细菌分类、植物病毒、微生物生态、微生物代谢、酶学、微生物遗传、发酵等专业图书2万多册，期刊近1000种，共3万多册，是中国微生物学书刊馆藏最多、品种较齐全的图书馆。有中、外文全文电子期刊均超过了9500种、中文电子图书达8万多种、外文电子图书逾2万种、中文学位论文70多万篇、外文学位论文20多万篇。
合作交流据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所与浙江海正集团共建生物药物联合实验室、与浙江银象生物工程有限公司共建联合实验室等11家企业建立各种联合实验室和联合中心；在湖北省八峰药化股份有限公司，北京中科亚生物技术发展有限公司等12家公司投资参股；与湖北与深蓝有限公司合作开发灵芝和推广、与山东金长城集团成立合资公司等多种形式进行技术转化。每年与企业合作的横向合作经费1000万以上。
科研成就科研成果成果概况
中国科学院微生物研究所
1998年-2008年中国科学院微生物研究所：1. 承担项目284项，总合同经费82942万，其中2001年至2008年进入二期创新试点工程以来承担项目266 项，合同经费79728万，九五期间（1996年至2000年）为3213万；2. 申请专利179项，其中2001年至2008年申请了169项；3．发表SCI论文829篇，其中2001年至2008年共发表SCI论文722篇；4. 出版42部，约占我所共出版专著112部的40%；5．获省部级以上奖18项，其中国家奖5项，建所以来共获省部级以上奖172项。2017年1月5日，阿维菌素的微生物高效合成及其生物制造荣获科学技术进步奖二等奖。[2]
2021年3月19日，由中国科学院微生物研究所和安徽智飞龙科马生物制药有限公司联合研发的重组新型冠状病毒疫苗（CHO细胞），经国家卫生健康委提出建议，国家药监局组织论证同意紧急使用。[3]
2021年8月17日，中国科学院微生物研究所严景华团队等多个团队联合在Nature Communications上在线发表了研究论文，该论文首次报道了一种靶向多种冠状病毒入侵受体ACE2的阻断抗体；该抗体能够有效预防和治疗新型冠状病毒（SARS-CoV-2）及其突变株感染宿主细胞及模式动物，并在非人灵长类动物中展现出良好安全性。[4]
学术刊物中国科学院微生物研究所主办的学术刊物有4种，分别是《微生物学报》、《生物工程学报》、《菌物学报》、《微生物学通报》。
《微生物学报》
微生物学报
《微生物学报》是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流。《微生物学报》是中国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊。被国内外一些著名的文摘刊物和数据库收录，是中国最早被世界最大医学文献数据库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，发行和交换到40多个国家和地区。
《生物工程学报》
生物工程学报
《生物工程学报》（月刊）是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的, 国内外公开发行的学术期刊。主要报道动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。栏目包括：综述、动物及兽医生物技术、海洋生物技术、环境生物技术、工业生物技术、农业生物技术、食品生物技术、系统生物技术、医学与免疫生物技术、组织工程与细胞培养、生物技术与方法、科学进展/名家论坛等。期刊影响因子、显示度等一直列国内生物类期刊前列。《菌物学报》
菌物学报
《菌物学报》（英文刊名Mycosystema）的前身为《真菌学报》，1982年创刊，由中国菌物学会主办，是中国菌物学（真菌、粘菌、卵菌）领域的专门学术期刊，报道该领域的最新研究进展和具创造性或较高学术水平的论文和简报。该刊是国际菌物学界信赖的刊物之一，也是中国自然科学核心期刊。已被国际国内著名重要数据库和检索期刊收录，促进了国内外学术交流，主要包括Index Copernicus；CA （美国“化学文摘”）； Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutz literature（德国“植物保护文献目录”）；中国科技信息研究所数据库（CJCR）；中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCI）；《中国学术期刊文摘》；《中国农业文摘》；《中国生物学文摘》；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》。
《微生物学通报》
中国科学院微生物研究所
《微生物学通报》1974年创刊，是中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办，国内外公开发行，以微生物学应用基础研究及高新技术创新、应用为主的综合性学术期刊。刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等。该刊为中国生物科学类核心期刊。曾获国家级优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，北京优秀科技期刊奖，2000年再获中国科学院优秀期刊三等奖，2001年被选入新闻出版署设立的“中国期刊方阵”并被列为“双效”期刊。
人才培养学科建设据2016年3月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名。中国科学院微生物研究所设有3个二级学科，并设有博士后流动站；新增1个专业学位硕士培养点。
博士学位培养点（3个，二级学科）：
微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学硕士学位培养点（3个，二级学科）：
微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学专业学位硕士培养点（1个，二级学科）：
生物工程博士后流动站：
微生物学教学建设据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所共有在学研究生513人，在站博士后57人。
国家、中国科学院大学、微生物研究所各级奖学金及资助
奖学金来源奖学金名称国家国家奖学金、博士研究生学术新人奖、发展研究奖学金中国科学院大学院长奖、朱李月华优秀博士生奖、宝洁优秀研究生奖学金、地奥奖学金、保罗生物科技优秀学生奖、BHPB奖学金、大学生奖学金北京生命科学研究院“Johnson&Johnson Asia Outstanding Garduate Thesis Avard in Bio-tech"奖和亚洲杰出研究生和优秀研究生奖、赛诺菲巴斯德生物医学杰出研究生奖中国科学院微生物研究所优秀研究生奖学金、所长奖学金、各研究室奖学金文化传统所徽
该标识结构严谨、稳重大气。体现微生物所探索永无止境，不断发展超越的精神。
标识整体以方圆结构为造型，外圆与中国科学院院徽外形相同，突出微生物所隶属于中国科学院，六边形代表该所属于中科院六个学部之一的生物学部。
以DNA双螺旋加底座，巧妙构成显微镜的图案，体现该所的基本学科特点，强调微生物研究已进入分子水平。“1958”示意该所的成立时间，“C·A·S”为中国科学院的英文缩写。
深蓝色代表高科技，也象征该所在生物科技领域勇于攀登、开拓前进的完整理念。
所训务实、求真、团结、攀登
战略合作2022年3月19日，茅台集团分别与贵州省科技厅、中科院微生物所、中科院水生所、中国环境科学研究院签署科技创新战略合作协议。[5]
2022年7月消息，山西省疾病预防控制中心与中科院微生物所签署战略合作框架协议，标志着省疾控中心与国内微生物综合研究领域顶级研究机构在全方位、多层次的科研合作上迈出了重要一步，对指导山西省P3实验室建设、提升科研能力具有重要意义。[6]